Thời gian nắm quyền chính trị của James Madison gặp một số thất bại, bao gồm việc không thể mua lại Tây Florida từ người Tây Ban Nha, gây ra tình trạng bất ổn và các hạn chế gây rối loạn thông qua một loạt các hành động, không giành được lãnh thổ Canada từ Chiến tranh năm 1812 và có hai lần thất bại sửa đổi Hiến pháp Hoa Kỳ. Madison được Tổng thống Thomas Jefferson bầu làm ngoại trưởng vào ngày 5 tháng 3 năm 1801 và trở thành tổng thống vào năm 1809, phục vụ hai nhiệm kỳ.
Madison đã đề xuất 12 sửa đổi đối với Hiến pháp khi ông phục vụ tại Hạ viện vào năm 1789. Mười trong số này đã được các bang phê chuẩn nhưng thật không may, hai điều đầu tiên thì không. Điều đầu tiên trong số này liên quan đến việc phân bổ các thành viên của Hạ viện. nhưng cuộc bỏ phiếu chỉ thiếu những gì cần thiết để biến nó thành luật. Sửa đổi thứ hai liên quan đến việc Quốc hội không thể tự phát hành tăng lương. Một phát hiện bất ngờ của một sinh viên đại học vào năm 1982 đã nhấn mạnh rằng bản sửa đổi không có ngày hết hạn, và nó hiện là bản sửa đổi thứ 27 của Hiến pháp. 10 Tu chính án của Madison đã được phê chuẩn đã trở thành Tuyên ngôn Nhân quyền.
Madison đã hợp tác với Tổng thống Jefferson trong Thương vụ mua Louisiana vào năm 1803, nhưng họ không thể đảm bảo cho Tây Florida trong thỏa thuận này. Madison cuối cùng đã có thể thôn tính Tây Florida bằng vũ lực trong nhiệm kỳ tổng thống của mình vào năm 1810.
Đạo luật Cấm vận năm 1807 và Đạo luật Không giao cấu năm 1809 là một trong những đạo luật được thông qua để hỗ trợ nền kinh tế Hoa Kỳ. Tuy nhiên, chúng chỉ dẫn đến việc làm gián đoạn thương mại của Hoa Kỳ và khuyến khích các thương gia Hoa Kỳ buôn lậu. Các biện pháp trừng phạt thương mại đã được các nước châu Âu ban hành. Dự luật số 2 của Macon's được ký vào năm 1810 để ngăn chặn những gián đoạn này, nhưng trong khi Pháp đồng ý với các điều khoản thì Anh lại không. Madison tuyên chiến chống lại người Anh vào năm 1812.