Các con sông chính của Madagascar bao gồm sông Betsiboka, Tsiribihina, Mangoky và Onilahy, tất cả đều bắt đầu từ vùng cao nguyên phía đông và chảy về phía tây theo hướng Kênh Mozambique. Nhiều con sông trong số này chảy qua các thung lũng màu mỡ và cung cấp phần lớn lượng nước tưới cho các loại cây trồng trên đảo. Con sông dài nhất ở Madagascar là Betsiboka, chảy về phía đông của Antananarivo, thủ đô và thành phố lớn nhất.
Sông Betsiboka thường xuyên tràn vào cảng Mahajanga trên bờ biển phía bắc Madgascar. Do nạn phá rừng trên diện rộng trong một thế kỷ và những trận mưa lớn vào đầu những năm 2000, cửa sông Betsiboka đã bị xói mòn nghiêm trọng. Phù sa đỏ được mang theo từ các sườn núi, sườn đồi xuống bờ biển với những cơn mưa nhiệt đới. Xói mòn gia tăng khi cơn bão nhiệt đới Gafilo tấn công Madagascar vào năm 2004. Các tàu vượt biển từng có thể đi lên Betsiboka, nhưng một lượng lớn phù sa hiện hạn chế các tàu lớn đi ngược dòng.
Các con sông phía tây của Madagascar chảy chậm hơn và trải ra giữa một số thung lũng sông. Các con sông ở bờ biển phía Đông đi nhanh từ các vùng cao nguyên vào Ấn Độ Dương. Một số con sông phía đông có các thác nước chảy vào Ấn Độ Dương.
Các con sông lớn như Betsiboka, Ikopa và Mangoky thoát ra vài trăm nghìn dặm vuông lưu vực. Các lưu vực này chịu trách nhiệm về các loại cây trồng chính, cây ngập mặn và rừng nhiệt đới.
