Một số nhược điểm của hội nhập kinh tế khu vực bao gồm sự thay đổi lực lượng lao động, kém hiệu quả hơn trong thương mại, tạo ra các rào cản thương mại đối với các nước không phải là thành viên và mất chủ quyền ở một mức độ nào đó. Hội nhập kinh tế là, tuy nhiên, được coi là chìa khóa cho sự phát triển quốc tế, vì nó phá vỡ một số rào cản thương mại giữa các quốc gia thành viên.
Một trong những điểm mạnh của hội nhập kinh tế khu vực là nó khuyến khích sự thay đổi lực lượng lao động. Ví dụ, nếu một khu vực cụ thể mang lại cơ hội sinh lợi, thì hầu hết các chuyên gia nhất định phải chuyển từ quốc gia bản địa của họ sang quốc gia có cơ hội tốt hơn. Điều này có thể tạo ra những thách thức mới cho quốc gia bản địa khi quốc gia này cố gắng cạnh tranh với các quốc gia khác.
Một điều đáng chê trách khác là sự kém hiệu quả trong thương mại có thể tăng lên. Ví dụ, nếu một quốc gia có truyền thống tham gia thương mại với một quốc gia cụ thể, hoạt động thương mại của họ có thể bị buộc phải dừng lại nếu các luật mới được thiết lập ngăn cản các quốc gia buôn bán với những quốc gia khác không thuộc liên minh kinh tế. Các quốc gia trong liên minh có thể đưa ra mức giá thấp hơn hoặc có thể quá đắt, khiến việc buôn bán trở nên khó khăn hoặc kém sinh lợi hơn.
Khi luật khu vực mới có hiệu lực, các nước thành viên có thể mất chủ quyền trong một số vấn đề nhất định. Các luật mới có thể kêu gọi tất cả các quốc gia tham khảo và xây dựng sự đồng thuận trước khi thực hiện những điều mới và điều này có thể được coi là mất chủ quyền.
