Trong khi Nhật Bản chiếm đóng Cộng hòa Philippines từ năm 1942 đến năm 1945 khiến người dân Philippines rất phẫn nộ, kể từ khi Chiến tranh thế giới thứ hai kết thúc, Nhật Bản đã là một đối tác thương mại quan trọng giúp thúc đẩy nền kinh tế Philippines . Nhật Bản cũng cung cấp hỗ trợ vào năm 1980 cho chính phủ mới của Philippines. Gần đây, Nhật Bản cũng đã cung cấp viện trợ rất cần thiết cho Philippines để tái thiết sau cơn bão Haiyan.
Nhật Bản xâm lược Philippines vào ngày 8 tháng 12 năm 1941 như một động thái chiến lược chống lại Hoa Kỳ. Cuộc xâm lược này bắt đầu chưa đầy một ngày sau cuộc tấn công của Nhật Bản vào Trân Châu Cảng, và cuối cùng người Nhật đã thiết lập một sự hiện diện quân sự mạnh mẽ ở Philippines. Trong khi người Nhật hứa độc lập cho quần đảo sau chiến tranh, hầu hết công dân Philippines đều phẫn nộ trước sự chiếm đóng và nhiều người đã tích cực chiến đấu chống lại người Nhật. Cuối cùng, người Nhật đầu hàng và mất quyền kiểm soát Philippines vào năm 1945.
Kể từ khi chiến tranh kết thúc và sự chiếm đóng của Nhật Bản, quan hệ Philippines-Nhật Bản đã phát triển mạnh mẽ hơn. Người Nhật đã đóng vai trò là một đối tác thương mại thiết yếu để giúp xây dựng lại và kích thích nền kinh tế Philippines, và người Nhật đã hỗ trợ xây dựng lại chính phủ Philippines trong những năm 1980. Nhật Bản tiếp tục cung cấp viện trợ nhân đạo và kinh tế cho Philippines, đáng chú ý nhất là trong giai đoạn khôi phục sau cơn bão Haiyan.
