Sống ở nơi lạnh nhất trên thế giới, chim cánh cụt hoàng đế có nhiều lớp lông dày như một tuyến phòng thủ đầu tiên. Ngoại trừ bàn chân và mặt dưới của cánh, những chiếc lông giống vảy và không thấm nước bao phủ toàn bộ cơ thể của chim cánh cụt để cách nhiệt và bảo vệ khỏi thời tiết băng giá ở Nam Cực.
Nhiệt độ ở vùng cực giảm mạnh vào mùa đông và chim cánh cụt hoàng đế sống sót qua mùa khắc nghiệt bằng cách tập trung với nhau trong những đám đông lớn được gọi là hình thành loài rùa để bảo tồn và chia sẻ thân nhiệt. Nhiệt độ có thể lên đến 20 độ bên trong hình thành rùa. Không giống như các loài chim cánh cụt lãnh thổ khác, chim cánh cụt hoàng đế hoạt động cùng nhau như một nhóm. Khi những con ở trung tâm của cuộc tụ họp đã ấm lên, chúng sẽ di chuyển ra ngoài để những con chim ở rìa của đội hình di chuyển vào trung tâm.
Những kẻ săn mồi chính của chim cánh cụt là hải cẩu báo và cá voi sát thủ. Chúng sử dụng đôi chân và sự nhanh nhẹn của mình để bơi nhanh và tìm kiếm đất liền khi bị cá voi sát thủ đe dọa. Họ thường tránh hải cẩu báo và cố gắng ở trong một nhóm để tránh bị ăn thịt. Skuas, một loại chim biển, rất thích trứng chim cánh cụt và chim mới sinh. Chim cánh cụt trưởng thành bảo vệ trứng bằng cách nhét chúng dưới chân hoặc bằng cách tạo một vòng với những con chim cánh cụt khác để canh gác trứng và những con non.
