Theo Phòng khám Cleveland, không có cách chữa trị nào đối với vi rút gây nhiễm trùng papillomavirus ở người. Có nhiều cách để điều trị các vấn đề như mụn cóc sinh dục và các tế bào cổ tử cung bất thường do vi rút gây ra. Liệu pháp trị mụn cóc bao gồm các kỹ thuật phẫu thuật khác nhau và các loại kem kê đơn. Nên làm xét nghiệm tế bào cổ tử cung thường xuyên để xác định xem các tế bào cổ tử cung có phát triển bất thường hay không; tần suất phết tế bào cổ tử cung có liên quan đến phân nhóm của HPV.
Theo Mayo Clinic, các loại thuốc được sử dụng để điều trị mụn cóc sinh dục bao gồm imiquimod, một loại kem kê đơn bôi trực tiếp lên mụn cóc. Imiquimod được biết là có tác dụng hỗ trợ hệ thống miễn dịch của cơ thể loại bỏ mụn cóc nhưng có thể gây sưng tấy và mẩn đỏ ở khu vực này. Dung dịch podofilox, được sử dụng để tiêu diệt mụn cóc, có thể gây ngứa và đau. Một loại axit được sử dụng để loại bỏ mụn cóc bằng cách đốt cháy chúng có thể gây kích ứng các mô bên cạnh.Một loại thuốc không kê đơn, axit salicylic, loại bỏ mụn cơm thành từng lớp. Theo Mayo Clinic, các thủ tục phẫu thuật bao gồm phương pháp áp lạnh, một kỹ thuật sử dụng nitơ để làm đông lạnh mụn cơm và đốt điện để loại bỏ mụn cơm bằng cách sử dụng dòng điện. Ánh sáng cường độ cao của tia laser loại bỏ mụn cóc. Trong 70 đến 90% trường hợp, vi-rút tự khỏi mà không cần điều trị. Tham khảo ý kiến bác sĩ để xác định xem có cần điều trị hay không.