Sư tử núi và gấu đen là một trong những kẻ thù phổ biến hơn của ngựa. Kích thước lớn của ngựa khiến chúng kém hấp dẫn hơn đối với những kẻ săn mồi khác và chúng dựa vào tốc độ chạy và tâm lý chăn gia súc của mình để chạy trốn sự nguy hiểm. Những kẻ săn mồi thường tìm kiếm những con ngựa ốm hoặc bị thương trong đàn.
Bất chấp mối quan hệ thân thiết giữa người và ngựa, một số người cũng coi con người là kẻ thù của loài ngựa. Phát triển đất và phá hủy môi trường sống tự nhiên góp phần hạn chế quy mô của quần thể ngựa. Việc sử dụng ngựa trong chiến tranh và đua xe thể thao góp phần rút ngắn tuổi thọ của nhiều loài ngựa.
