Bảo tàng Động vật học của Đại học Michigan chỉ ra rằng kẻ thù chính hoặc những kẻ săn mồi, của chim cánh cụt hoàng đế là thú cưng khổng lồ, chồn hôi Nam Cực, hải cẩu báo và cá voi sát thủ. Thú bông và chồn hôi, cả hai loài chim sống trong thời tiết lạnh, nuôi gà con trong đàn chim cánh cụt. Các ước tính cho thấy từ 7 đến 34% gà con trở thành con mồi.
Hải cẩu báo săn chim cánh cụt non khi chúng ra biển, nhưng hoàng đế trưởng thành cũng là mục tiêu. Cá voi sát thủ có xu hướng tìm đến những con chim đã trưởng thành hoàn toàn. Chim cánh cụt hoàng đế canh chừng những kẻ săn mồi và cảnh báo những con khác trong đàn khi nguy hiểm đến gần. Ngoài ra, National Geographic tuyên bố rằng khi chim cánh cụt hoàng đế ở dưới nước, chúng có khả năng lao lên đột ngột với tốc độ ngắn giúp chúng có thể lẩn tránh hải cẩu.
