Hai quốc gia có cờ hình vuông là Thụy Sĩ và Vatican. Tuy nhiên, lá cờ Thụy Sĩ có thể được nhìn thấy tại các thế vận hội Olympic với tỷ lệ hình chữ nhật 2: 3 phù hợp với cờ của các quốc gia khác.
Quốc kỳ Thụy Sĩ có hình vuông và màu đỏ với hình chữ thập màu trắng. Tuy nhiên, trên biển, Hải quân Thụy Sĩ được sử dụng; nó có tỷ lệ hình chữ nhật 2: 3 thay vì tỷ lệ hình vuông 1: 1. Lá cờ được giữ theo tỷ lệ hình vuông tiêu chuẩn khi nó được bay bên ngoài trụ sở Liên Hợp Quốc ở cả New York và Geneva.
Quốc kỳ của Vatican được chia theo chiều dọc với màu vàng ở bên trái và màu trắng ở bên phải. Ở phía bên phải màu trắng, có một biểu tượng có hai chìa khóa bắt chéo với vương miện của giáo hoàng. Biểu tượng là một tham chiếu đến các chìa khóa được đề cập trong Tân Ước của Kinh thánh và tượng trưng cho một trong hai: quyền truy cập của Thánh Peter vào vương quốc thiên đàng hoặc quyền thống trị của giáo hoàng đối với các vấn đề thời gian và tâm linh. Quốc kỳ Vatican từng có màu đỏ và vàng nhưng đã được chuyển sang sọc vàng và trắng vào đầu thế kỷ 19. Nó cũng từng có các hình tượng trưng cho Thánh Peter và Thánh Paul.
