Động vật ăn thịt không phải con người duy nhất đủ lớn để gây nguy hiểm cho một con rùa biển xanh trưởng thành là cá mập. Tuy nhiên, con non dễ bị ảnh hưởng bởi cua, mòng biển, cá mập, cá và động vật có vú. Dù có nguy cơ tuyệt chủng nhưng rùa biển xanh cũng rất dễ bị con người giết hại để lấy thịt, mai và trứng.
Rùa biển xanh dễ bị tổn thương nhất khi chúng vừa mới nở. Khi mới nở, chúng cùng nhau đào lên bề mặt bãi biển và hướng ra đại dương, sử dụng sự phản chiếu của ánh sáng mặt trăng trên bề mặt nước để định hướng cho bản thân. Tuy nhiên, ánh sáng nhân tạo có thể khiến chúng mất phương hướng và đi sai hướng, góp phần gây ra cái chết cho con non và khiến chúng tiếp xúc với nhiều kẻ săn mồi hơn. Trong số một trăm con non, trung bình chỉ có một hoặc hai con sống sót trong năm đầu tiên của chúng.
Rùa biển xanh cũng dễ bị ảnh hưởng bởi ô nhiễm, sự phát triển của con người và các dịch bệnh làm giảm dân số của chúng rất nhiều. Một số con bị mắc vào lưới đánh cá thương mại và chết đuối, trong khi những con khác có thể ăn rác hoặc mảnh vụn biển và chết theo cách đó. Mỗi năm, rùa cũng bị thương trong các vụ tai nạn do chân vịt của thuyền. Sự phát triển của vùng ven biển loại bỏ những nơi làm tổ quen thuộc, khiến rùa xanh cái không còn nơi an toàn để đẻ trứng. Rùa biển xanh cũng dễ bị bệnh u sợi huyết, một căn bệnh không rõ nguồn gốc gây ra các khối u phát triển trên các mô mềm của chúng.
