Không xác định được giống chó Chihuahua bị lai tạp. Có nhiều ý kiến về nguồn gốc của giống chó này, nhưng không có bằng chứng nào chứng minh điều nào là đúng.
Một số người tin rằng giống chó này đến từ khu vực Nam và Trung Mỹ và được phát triển thông qua việc lai tạo giống chó Techichi. Những người khác tin rằng Chihuahua có nguồn gốc từ Trung Quốc và được nhập khẩu vào Hoa Kỳ, nơi nó được lai tạo với những con chó bản địa nhỏ hơn. Những người khác cho rằng giống cáo này có nguồn gốc từ cáo Fennec, có nguồn gốc từ Nam Phi.
Ngay cả khi có bằng chứng cho thấy Chihuahua đã xuất hiện từ thời cổ đại, nó được cho là có nguồn gốc từ Mexico và được đặt tên cho bang Chihuahua ở quốc gia đó.
