Các vùng nước chính ở Đức là sông Danube, sông Rhine, sông Elbe và sông Weser. Nước Đức có một số hồ nhỏ, nhưng những hồ này chủ yếu là sông băng và nằm trên núi. Hồ lớn nhất, Bodensee, nằm trên biên giới của Đức với Thụy Sĩ và Áo.
Các con sông lớn nhất ở Đức là Danube và Rhine. Sông Rhine dài 820 dặm. Nó bắt đầu từ dãy Alps của Thụy Sĩ và chạy về phía bắc đến Biển Bắc. Nhiều con sông và phụ lưu nhỏ hơn tạo nên hệ thống sông Rhine. Trong số này có các sông Lippe, Ruhr, Mosel, Neckar và Main. Sông Rhine đặc biệt quan trọng đối với Đức vì nó có thể được di chuyển bằng thuyền trong suốt chiều dài, khiến nó trở thành một tuyến đường vận chuyển hàng hóa quan trọng.
Danube, là một trong những con sông lớn nhất ở châu Âu, nằm ở miền nam nước Đức. Nó bắt đầu từ Rừng Đen nổi tiếng của Đức và chảy về phía đông đến Biển Đen. Hệ thống Elbe là con sông dài thứ hai ở Đức. Các sông Oder và Neisse, mặc dù không phải là sông chính ở Đức, nhưng lại tạo thành biên giới giữa nước này và Ba Lan.
Ngoài các con sông và hồ không thường xuyên, suối khoáng là một đặc điểm quan trọng ở Đức. Những con suối này có cả nước nóng và nước lạnh, và chúng là nền tảng cho một số spa nổi tiếng.