Sông Rio Negro, sông Jurua và sông Madeira là một số phụ lưu chính của sông Amazon. Có hơn 17 dòng nước chính tương tác theo cách này hay cách khác với sông Amazon.
Sông Amazon kéo dài hơn 4.000 dặm và nó chứa gần 1.100 nhánh sông, một số nhánh nhỏ hơn nhiều so với các nhánh sông khác. Rio Negro là một trong những sông lớn nhất và xét về lưu lượng nước, nó giữ kỷ lục là con sông lớn thứ hai trên thế giới. Ở một số điểm sâu nhất của nó, con sông này chạy sâu 300 feet, và cửa sông nằm ở Manaus, Brazil. Jurua và Madeira là các phụ lưu chính khác và cả hai đều dài hơn 2.000 dặm.
Một số phụ lưu lớn khác của Amazon là sông Japura, Purus và Xingu. Tất cả những con sông này đều dài ít nhất 1.000 dặm.
Trước khi các con đường hiện đại và các cơ sở hạ tầng khác phát triển, các nhánh sông là lối đi chính để tiếp cận các khu vực khác nhau của Nam Mỹ. Các nhánh sông này cũng cho phép hàng hóa được đưa vào và ra khỏi các quốc gia trên lục địa.
Lưu vực sông Amazon có lượng mưa trung bình hơn 7 feet mỗi năm, nhưng một số vùng của sông có thể nhận được lượng mưa hơn 20 feet trong khoảng thời gian 1 năm.