Cá sấu chúa thể hiện nhiều khả năng thích nghi, bao gồm bộ da ngụy trang, ngón chân có màng, đuôi lớn, mắt và lỗ mũi vừa vặn. Bộ hàm vạm vỡ và răng sắc nhọn giúp cá sấu có thể kẹp chặt con mồi và xé xác .
Cá sấu chúa thích nghi với cuộc sống dưới nước với chiếc đuôi lớn và các ngón chân có màng. Đuôi của nó phẳng và hoạt động giống như mái chèo, đẩy nó nhanh chóng qua mặt nước. Các ngón chân có màng một phần giúp nó có thể đi qua các khu vực lầy lội mà không bị chìm. Móng vuốt mạnh mẽ có nhiều công dụng, chẳng hạn như giúp cá sấu đào tổ.
Con cá sấu chúa có cả mắt và lỗ mũi nằm trên đỉnh đầu. Bằng cách này, cá sấu có thể gần như ngập trong nước trong khi vẫn có thể thở. Hơn nữa, điều này che giấu cá sấu khỏi tầm nhìn của con mồi. Ngay cả những bộ phận của loài bò sát sống trên mặt nước cũng được bao phủ bởi các nút và bướu khiến cá sấu trông giống như một thảm thực vật vô hại.
Khi cá sấu ngập nước hoàn toàn, một lớp màng bảo vệ sẽ che mắt chúng để chúng có thể nhìn thấy dưới nước. Nó cũng có thể bịt tai lại. Cá sấu chúa có cấu tạo đặc biệt bao bọc khí quản và giữ cho phổi không có nước khi nó lặn xuống.
