Động vật thân mềm có bốn bộ phận cơ thể bao gồm lớp phủ, khối nội tạng, vỏ và chân. Mỗi bộ phận đều có mục đích cụ thể riêng. Các loại nhuyễn thể rất đa dạng nên rất khó để so sánh từng loại.
Khối nội tạng là nơi chứa tim và các cơ quan chính khác. Vỏ là thứ giúp bảo vệ động vật thân mềm khỏi những kẻ săn mồi. Lớp phủ là một lớp mô nằm trên khối nội tạng và nó chứa một tuyến giúp tạo ra lớp vỏ cứng. Bàn chân nằm ở phía dưới của cơ thể, nó tiết ra chất nhờn để động vật thân mềm có thể di chuyển xung quanh. Nó di chuyển xung quanh bằng cách co cơ bàn chân giống như một con ốc sên. Chất nhầy giúp nhuyễn thể lướt trên bề mặt. Nó cũng có một bộ mang giúp thở, vì vậy nó không cần phải nhô lên mặt nước để lấy khí.