Mặc dù hợp nhất cột sống có thể giảm đau, nhưng bản chất xâm lấn của nó có thể gây viêm ở các cơ xung quanh, kích ứng ở các dây thần kinh lân cận và bệnh ở đoạn lân cận. Những tác động này có nghĩa là bệnh nhân nên cân nhắc các lựa chọn thay thế trước khi tiến hành phẫu thuật, lưu ý Trung tâm cột sống và khớp Bắc Tampa.
Đối với những người bị đau dọc theo cột sống, phẫu thuật hợp nhất có thể giúp giảm đau vĩnh viễn vì quá trình hợp nhất xác định và khắc phục các vấn đề dọc theo cột sống. Theo Trung tâm cột sống và khớp North Tampa, một tác động là mở rộng lòng mạch, giải phóng các dây thần kinh có thể đã bị mắc kẹt và gây đau, theo Trung tâm cột sống và khớp Bắc Tampa.
Ngoài việc mất chuyển động giữa các đốt sống, phẫu thuật hợp nhất có thể dẫn đến viêm ở bất kỳ cơ nào mà bác sĩ phẫu thuật buộc phải mổ xẻ, có nghĩa là cơn đau cột sống được thay thế bằng cơn đau cơ. Hợp nhất cột sống cũng cần có thanh và vít để giữ các đốt sống tại chỗ, điều này có thể kích thích các dây thần kinh lân cận, gây ra một loại đau khác. Ngoài ra, vì sự hợp nhất làm mất đi một số chức năng của các đốt sống gần với đoạn hợp nhất, các đốt sống không phải là bộ phận hợp nhất có thể bị thoái hóa do áp lực mà phần hợp nhất của cột sống gây ra. Tổng hợp lại, những yếu tố này làm cho các phương pháp điều trị bệnh lý cột sống khác được ưa chuộng hơn trong nhiều trường hợp, như Trung tâm Cột sống và khớp North Tampa đã nêu.
