Loài bò sát quan trọng vì chúng đóng vai trò quan trọng trong lưới thức ăn, đóng vai trò là loài thụ phấn và kiểm soát sâu bệnh. Loài bò sát là động vật ăn thịt một số loài động vật và làm mồi cho những loài khác, khiến chúng trở thành một thành phần quan trọng trong hệ sinh thái .
Cá sấu Mỹ là một loài quan trọng vì chúng đào "lỗ gator" ở những khu vực chúng sinh sống, nơi chứa nước duy nhất có trong mùa khô ở Everglades. Những điểm nước nhỏ này là nơi ẩn náu của các loài động vật thủy sinh khác và là nguồn cung cấp nước cho các loài thực vật, chim và động vật. Một loài bò sát có họ hàng gần, cá sấu, được coi là loài then chốt vì nó có ảnh hưởng lớn đến môi trường sống của chúng.
Ngoài việc quan trọng đối với lưới thức ăn của nhiều hệ sinh thái khác nhau, loài bò sát còn có thể thực hiện nhiều vai trò quan trọng khác. Ví dụ, một số loài bò sát hoạt động như những loài thụ phấn. Tắc kè ngày đuôi xanh thụ phấn cho một loài thực vật quý hiếm ở Mauritius. Là loài thụ phấn duy nhất, tắc kè rất cần thiết cho sự tồn tại của thực vật. Các loài bò sát cũng có nhiệm vụ kiểm soát các loài sinh vật gây hại và loài gặm nhấm, điều này mang lại lợi ích cho các cộng đồng nông nghiệp nơi dịch hại có thể phá hoại mùa màng.
Mặc dù bò sát là một phần tích cực của hệ sinh thái, sự tồn tại của chúng đang bị đe dọa bởi con người, mất môi trường sống và biến đổi khí hậu. Thông thường, các loài bò sát sẽ gặp nguy hiểm bởi các loài xâm lấn được đưa vào môi trường và tiếp quản.
