Theo Hiệp hội Ung thư Hoa Kỳ, các tác dụng phụ thường gặp của thuốc chẹn estrogen bao gồm mệt mỏi, bốc hỏa, khô âm đạo, tiết dịch âm đạo và thay đổi tâm trạng. Hiếm khi có thể xảy ra các tác dụng phụ nghiêm trọng hơn như tăng nguy cơ ung thư nội mạc tử cung hoặc đau tim và sarcoma tử cung cũng như các cục máu đông, thường ở chân, có thể vỡ ra gây thuyên tắc phổi.
Hiệp hội Ung thư Hoa Kỳ lưu ý ở phụ nữ sau mãn kinh, một tác dụng phụ khác có thể xảy ra khi sử dụng thuốc chẹn estrogen là đột quỵ. Ở phụ nữ tiền mãn kinh, estrogen có thể gây loãng xương, trong khi ở phụ nữ sau mãn kinh, nó có thể làm chắc xương. Phụ nữ bị di căn xương có thể thấy lượng canxi cao trong máu hoặc đau và sưng ở xương hoặc cơ được gọi là khối u bùng phát.Estrogen thúc đẩy các loại ung thư dương tính với thụ thể estrogen; Hiệp hội Ung thư Hoa Kỳ giải thích: 2/3 trường hợp ung thư vú thuộc loại này. Điều này làm cho việc áp dụng các liệu pháp ngăn chặn estrogen có khả năng xảy ra bất kỳ tác dụng phụ nào. Chúng có thể được sử dụng riêng, kết hợp với các liệu pháp khác, như một liệu pháp tiếp theo sau khi điều trị ung thư kết thúc hoặc nếu ung thư tái phát hoặc di căn. Tuy nhiên, chúng không giúp ích cho bệnh ung thư âm tính với thụ thể estrogen.