Táo bón không phải là một tác dụng phụ liên quan đến sữa công thức đậu nành. Công thức đậu nành là một phương pháp điều trị táo bón ở trẻ sơ sinh. Viện Y tế Quốc gia phân loại sữa công thức đậu nành cho trẻ em là chất cần quan tâm tối thiểu về tác dụng phụ.
Ngoài công dụng trị táo bón, sữa công thức đậu nành còn được kê đơn cho trẻ bị dị ứng sữa. Ba phần trăm trẻ sơ sinh ở Hoa Kỳ bị dị ứng sữa, và hầu hết sau cùng chúng sẽ lớn hơn. Sữa đậu nành là phương pháp điều trị phổ biến nhất cho chứng dị ứng này, và nó có giá trị dinh dưỡng tương đương với sữa công thức sữa bò. Sữa đậu nành chiếm 12% tổng doanh số bán sữa công thức ở Hoa Kỳ tính đến năm 2014, giảm 50% doanh số so với mức đỉnh điểm vào năm 1999.
Tác dụng phụ duy nhất được ghi nhận của sữa công thức đậu nành ở người là ảnh hưởng của nó đối với những người bị dị ứng đậu nành. Các nghiên cứu trên động vật cho thấy mối tương quan giữa việc ăn nhiều đậu nành và dậy thì sớm do lượng estrogen tăng lên, nhưng phát hiện này không được xác nhận ở người. Viện Y tế Quốc gia và Bộ Nông nghiệp Hoa Kỳ đều trích dẫn các nghiên cứu dài hạn làm bằng chứng cho thấy sữa công thức đậu nành là một giải pháp thay thế an toàn cho sữa công thức sữa bò mặc dù cả hai cơ quan đều khuyến khích cha mẹ cho trẻ bú sữa mẹ thay vì sữa công thức bất cứ khi nào có thể.
