Giống như tất cả các loài côn trùng, ruồi có não. Bộ não của chúng bao gồm protocerebrum, deutocerebrum và tritocerebrum. Cơ quan sinh dục của ruồi điều khiển mắt kép và mắt tinh của nó, đó là một bộ ba mắt đơn giản được tìm thấy giữa hai mắt kép. Ocelli giúp con ruồi định hướng.
Deutocerebrum điều khiển râu của con vật và tritocerebrum điều khiển một phần các bộ phận miệng của ruồi. Tritocerebrum cũng cho phép não giao tiếp với phần còn lại của hệ thần kinh trung ương của ruồi.
Các bó dây thần kinh khác, bên dưới não ruồi, điều khiển các cơ miệng, cánh và cơ bay khác của con vật, cũng như các cơ quan tiêu hóa, sinh sản và cảm giác.
