Rạn san hô Great Barrier được hình thành từ một quá trình lâu dài và chậm chạp liên quan đến sự tích tụ các vật liệu hữu cơ, chẳng hạn như đá, động thực vật và vỏ của san hô chết. Rạn san hô Great Barrier bắt đầu hình thành khoảng 20 triệu nhiều năm trước. Vỏ chết từ san hô, cùng với tàn tích của tảo, hải quỳ, cá, giun, động vật giáp xác, ốc, rùa và rắn tích tụ và tạo nên hình dạng của Great Barrier Reef.
Các nhà sử học thiếu nhất trí về thời điểm con người phát hiện ra Great Barrier Reef lần đầu tiên. Tuy nhiên, theo các ghi chép lịch sử, các thổ dân có khả năng đã phát hiện ra rạn san hô Great Barrier khoảng 40.000 năm trước. Những người thổ dân đã định cư trên các vùng đất của nước Úc ngày nay vào thời điểm đó. Họ đánh bắt ở các vùng nước xung quanh và điều hướng qua những con kênh nguy hiểm của eo biển Torres gần đó. Tuy nhiên, vào thời điểm đó, Great Barrier Reef trông khác nhiều. Nó bao phủ những vùng đất khô rộng lớn có hình dạng như đồng bằng ven biển.
Các nhà sử học hiểu thêm về Rạn san hô Great Barrier do người châu Âu du nhập vào lục địa Úc. Các thủy thủ và nhà thám hiểm cho biết các tàu đang chạm đất bên dưới mặt nước, cần phải sửa chữa tốn kém và tốn thời gian. Thông qua thử nghiệm và sai lầm, người châu Âu cuối cùng đã phát hiện ra các tuyến đường điều hướng an toàn qua và xung quanh Great Barrier Reef. Rạn san hô Great Barrier đã cướp đi sinh mạng của hơn 30 con tàu trong suốt nhiều năm và vẫn là khu vực đánh bắt cá trung tâm.
