Nhược điểm lớn của nghiên cứu sơ cấp là chi phí rất lớn liên quan đến việc thu thập thông tin. Tương tự, nó tiêu tốn rất nhiều thời gian vì nhà nghiên cứu phải chuẩn bị cho nghiên cứu, thu thập chi tiết và xử lý thông tin thành các kết quả mạch lạc và logic.
Nghiên cứu sơ cấp là quá trình thu thập thông tin mới về một hiện tượng nào đó trong xã hội. Chi phí cho nghiên cứu sơ cấp bao gồm chi phí văn phòng phẩm, tài liệu in ấn, đi lại, ăn ở và bồi thường cho các trợ lý nghiên cứu. Thực hiện điều tra dân số là một ví dụ về nghiên cứu ban đầu đòi hỏi chi phí lớn và mất nhiều thời gian.
So với nghiên cứu thứ cấp, nơi một người chỉ cần thu thập thông tin đã được nghiên cứu trước, nghiên cứu sơ cấp tiêu tốn rất nhiều thời gian. Vì những người trả lời trong nghiên cứu sơ cấp rất nhiều và đa dạng, một nhà nghiên cứu có nguy cơ nhận được những phát hiện sai lệch hoặc không chính xác. Tuy nhiên, nhược điểm này có thể được loại bỏ bằng cách nhắm mục tiêu đến đối tượng được chọn mẫu.
Một bất lợi khác là yếu tố thời gian. Vì nghiên cứu sơ cấp mất nhiều thời gian, nên những phát hiện của nó có thể không liên quan vào thời điểm chúng được xử lý. Một phương pháp nghiên cứu chính là bảng câu hỏi. Ở đây, người trả lời có thể diễn giải sai các câu hỏi, dẫn đến phản hồi sai hoặc không mong muốn. Tuy nhiên, một lợi thế lớn của nghiên cứu chính là thực tế là nhà nghiên cứu có khả năng thu thập thông tin mà trước đây không có sẵn, chưa được biết đến hoặc gây tranh cãi.