Nhật Bản có hơn 130 loài động vật có vú trên cạn khác nhau, 600 loài chim và các loài bò sát, cá và côn trùng khác nhau. Phần lớn Nhật Bản có địa hình đồi núi bao phủ bởi rừng, chưa được phát triển để con người sinh sống.
Nhật Bản có một số loài động vật độc đáo, bao gồm tanuki, mèo báo Tsushima, sóc bay Siberia và sơn dương. Khỉ khổng lồ Nhật Bản, hay khỉ tuyết, là một trong những loài động vật đáng nhớ nhất của Nhật Bản. Chúng có nguồn gốc từ đất nước và là loài linh trưởng duy nhất sống ở xa về phía bắc.
Trong số 600 loài chim ở Nhật Bản, chỉ có một số loài là loài đặc hữu. Chúng bao gồm
- Chim trĩ xanh
- Gà lôi đồng
- Chim gõ kiến Nhật Bản
- Izu thrush
- Mắt trắng tăng cao
- Đường sắt Okinawa
Gần một nửa trong số 73 loài bò sát được tìm thấy ở Nhật Bản là loài đặc hữu. Chúng bao gồm rùa biển có nọc độc và rùa nước ngọt không có nọc độc, các loài rắn độc và không độc, thằn lằn, kỳ đà và kỳ nhông.
Nhật Bản có hơn 3.000 loại cá bao gồm cả giống nước mặn và nước ngọt. Taimen Nhật Bản được tìm thấy ở cả sông và đại dương xung quanh Hokkaido và là loài cực kỳ nguy cấp.
Nhật Bản cũng là quê hương của loài ong bắp cày khổng lồ, là loài ong bắp cày lớn nhất trên thế giới. Các loài côn trùng khác bao gồm nhiều giống được tìm thấy ở các nơi khác trên thế giới, bao gồm ve sầu, dế và đom đóm. Có 190 loại chuồn chuồn và 300 loài bướm.
