Mất môi trường sống ở các Hồ Lớn là do các loài xâm lấn, ô nhiễm, sự phát triển của bờ biển, tàu bè qua lại, sự biến mất của các loài bản địa và sự rút nước từ các lưu vực của Hồ Lớn. Một phần nhỏ mất môi trường sống ở Great Lakes xuất phát từ các hiện tượng tự nhiên, bao gồm các thảm họa thiên nhiên như lũ lụt và hạn hán. Tuy nhiên, hầu hết những thay đổi đối với hệ sinh thái mong manh này đều đến từ hoạt động của con người.
Ở Great Lakes, cùng với các hệ sinh thái khác, sự du nhập của các loài không động vật gây ra một mối đe dọa đáng kể. Các loài xâm lấn là các sinh vật như thực vật, vi khuẩn và động vật được vận chuyển đến môi trường sống từ các địa điểm khác. Khi du nhập, những loài này có thể cạnh tranh với các sinh vật bản địa về các nguồn tài nguyên khan hiếm như thức ăn, nước uống và nơi ở. Các loài xâm lấn cũng có thể giết chết các loài bản địa bằng cách ăn thịt trực tiếp hoặc, trong trường hợp vi khuẩn và vi rút, thông qua bệnh tật.
Ô nhiễm là một yếu tố khác dẫn đến mất đa dạng sinh học ở khu vực Hồ Lớn. Ô nhiễm có hai dạng chính: nguồn điểm và nguồn không điểm. Ô nhiễm nguồn không điểm xảy ra khi nước từ tuyết tan và mưa vận chuyển các chất ô nhiễm vào đường nước và nguồn cung cấp nước ngầm. Ô nhiễm nguồn điểm đến từ các nguồn trực tiếp như các nhà máy và nhà máy nhiên liệu đốt than. Cuối cùng, việc tàu bè và phương tiện cơ giới qua lại thường xuyên qua Great Lakes đã đóng góp một lượng đáng kể hóa chất độc hại và chất ô nhiễm vào vùng biển và không khí xung quanh.
