Một trong những nguyên nhân phổ biến nhất gây đau tầng sinh môn ở nam giới là viêm tuyến tiền liệt, trong khi hội chứng đau vùng chậu là một trong những nguyên nhân hàng đầu gây đau tầng sinh môn ở phụ nữ, các bác sĩ chuyên khoa Tiết niệu New York lưu ý. Tầng sinh môn nằm giữa vùng bài tiết và nước tiểu của khung chậu.
Đau ở bất kỳ cơ quan nào trong vùng chậu có thể gây ra các vấn đề về tầng sinh môn, do đó, các bác sĩ cho rằng đau tầng sinh môn bắt nguồn từ một số nguyên nhân, theo các bác sĩ chuyên khoa Tiết niệu New York. Những bất thường ở tuyến tiền liệt có thể làm viêm tầng sinh môn ở nam giới. Những phụ nữ bị chứng âm hộ, một cảm giác nóng bỏng mãn tính ở vùng âm đạo, có thể bị đau tầng sinh môn. Các nguyên nhân gây đau tầng sinh môn ở cả nam và nữ bao gồm hội chứng niệu đạo, hội chứng đau tầng sinh môn, viêm bàng quang kẽ, nứt hậu môn và áp xe vùng kín. Hai nguyên nhân khác là hội chứng chèn ép dây thần kinh lưng và hội chứng đau thắt lưng.
Viêm tuyến tiền liệt xảy ra khi tuyến tiền liệt bị viêm do nhiễm trùng do vi khuẩn hoặc áp xe tuyến tiền liệt. Các bác sĩ chuyên khoa Tiết niệu ở New York lưu ý rằng tuyến tiền liệt phì đại cũng có thể dẫn đến đau tầng sinh môn. Hội chứng niệu đạo, hội chứng thắt lưng và hội chứng đau tầng sinh môn đều mô tả cơn đau ở vùng xương chậu kéo dài hơn ba tháng. Viêm bàng quang kẽ biểu thị tình trạng bàng quang bị viêm mãn tính. Trật dây thần kinh lưng xảy ra ở người đi xe đạp do vùng đáy chậu bị nén khi ngồi lâu.
Nhiều bệnh nhân bị đau vùng đáy chậu vô căn mãn tính mắc phải một số loại vấn đề tắc nghẽn trong đại tràng dẫn đến khó đại tiện, ghi nhận một nghiên cứu năm 2011 được xuất bản bởi tạp chí Colorectal Disease của Anh. Són phân cũng là nguyên nhân gây ra chứng đau tầng sinh môn ở hơn một nửa trong số 59 bệnh nhân được nghiên cứu.
