Cơ quan Quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ đã cảnh báo rằng liệu pháp thay thế hormone sinh học có khả năng tạo ra các tác dụng phụ giống như các hormone mà chúng tái tạo, Drugs.com giải thích. Đầy hơi, đau đầu, buồn nôn, sưng và đau vú là những tác dụng phụ có thể xảy ra của liệu pháp thay thế hormone, theo WebMD. Ngoài ra, FDA cảnh báo rằng phụ nữ đang sử dụng liệu pháp thay thế hormone có thể có nguy cơ mắc thêm các tác dụng phụ không xác định. Nghiên cứu cũng chứng minh rằng phụ nữ dùng liệu pháp thay thế hormone có nhiều khả năng bị đột quỵ và đông máu hơn. Tuy nhiên, nghiên cứu đã chứng minh các kết quả khác nhau về tác dụng của liệu pháp thay thế hormone.
FDA đã không phê duyệt liệu pháp thay thế hormone sinh học và cảnh báo rằng các công thức chứa hormone sinh học có thể không tinh khiết hoặc cung cấp liều lượng phù hợp, Drugs.com lưu ý. Ngoài ra, do mức độ hormone liên tục dao động, các sản phẩm thay thế hormone sinh học được bào chế bằng cách kiểm tra nồng độ hormone trong nước bọt có thể không cung cấp liều lượng thích hợp theo yêu cầu của một người. Các chuyên gia y tế và các tổ chức y tế của chính phủ thường khuyến nghị liều lượng thấp liệu pháp thay thế hormone chỉ được sử dụng trong thời gian ngắn để giảm nguy cơ tác dụng phụ.