Có một số động vật ăn thịt của cá ngựa, bao gồm cua, cá đuối, cá ngừ và chim cánh cụt. Cá ngựa không có cơ chế bảo vệ tự nhiên và chúng không bơi rất giỏi - hai yếu tố khiến chúng bị bỏ ngỏ để săn mồi và dựa vào môi trường của chúng để bảo vệ.
Kích thước của cá ngựa là một điều giúp bảo vệ nó vì ngay cả con cá ngựa lớn nhất cũng chỉ cao 8 inch và cá ngựa có thể thay đổi màu sắc tùy theo môi trường sống, vì vậy nó có thể lén lút trốn tránh những kẻ săn mồi. Tuy nhiên, nó rất dễ bị các sinh vật khác ở biển ăn thịt. Mặc dù một con cá ngựa đực có thể sinh 1.500 con cá ngựa cái trở lên cùng một lúc trong thời gian mang thai từ 10 đến 25 ngày, chỉ 1% số con sống sót.
