Lịch sử của EFCC ở Nigeria, từ viết tắt của Ủy ban Tội phạm Kinh tế và Tài chính, bắt đầu được thành lập vào năm 2003. Kể từ khi thành lập, ủy ban đã quản lý để truy tố và kết tội một số cấp cao các cá nhân về tội tham nhũng, bao gồm một số giám đốc điều hành ngân hàng và quan chức chính phủ.
Các sự kiện đáng chú ý trong lịch sử của tổ chức cũng bao gồm cuộc điều tra năm 2008 đối với Iyabo Obasanjo-Bello, bị nghi ngờ hối lộ bằng cách sử dụng các khoản tiền bị đánh cắp từ Bộ Y tế. Vụ án đã dẫn đến việc xét xử Bộ trưởng Y tế khi đó và cấp phó của bà với tội danh ăn cắp khoảng 300.000 đô la từ các quỹ không sử dụng được giao cho Bộ.
Vào ngày 14 tháng 9 năm 2010, Abdullahi Muazu, người từng là người đứng đầu đơn vị pháp y của EFCC, bị ám sát tại Kaduna. Trước khi qua đời, anh ta đã tích cực tham gia vào các phiên tòa xét xử một số người đứng đầu ngân hàng có ảnh hưởng ở Nigeria.
Quyền tài phán pháp lý của EFCC ở Nigeria chỉ giới hạn đối với tội phạm tài chính. Kể từ năm 2014, ủy ban trực thuộc sự quản lý của Tổng thống Nigeria. Điều này cho phép đương kim chủ tịch bổ nhiệm và bãi nhiệm chủ tịch EFCC. Một trường hợp này xảy ra vào ngày 23 tháng 11 năm 2011, khi Tổng thống Goodluck Jonathan cách chức chủ tịch Farida Mzamber Waziri và thay thế bà bằng Ibrahim Lamorde.
