Chỉ có một loài săn mồi được ghi nhận trên cây ngọc lục bảo là đại bàng mào Guianan. Tuy nhiên, nhiều loài chim săn mồi khác, chẳng hạn như đại bàng harpy, chắc chắn có khả năng giết và ăn thịt boas. Ngoài ra, những con mèo lớn, chẳng hạn như báo đốm, có thể ăn boas cây ngọc lục bảo khi chúng tìm thấy chúng.
Những cách chính mà boas cây ngọc lục bảo bảo vệ mình khỏi những kẻ săn mồi bao gồm khả năng ngụy trang đáng kinh ngạc, thói quen sống trên cây và chu kỳ hoạt động về đêm của chúng. Các boas cây ngọc lục bảo có màu xanh lục đậm, nhưng chúng cũng có các loại màu trắng, vàng, xám và xanh lam. Màu xanh lá cây giúp những con rắn hòa hợp với những tán lá xanh của tán rừng nhiệt đới, trong khi những mảng màu giúp phá vỡ đường viền của những con rắn. Dành phần lớn thời gian trong ngày để ngủ trong khi cuộn tròn quanh một cành cây, cây ngọc lục bảo thức dậy sau khi trời tối để săn mồi. Nếu bị kẻ thù tấn công, boas cây ngọc lục bảo ngoan cường bám vào cành của chúng và tấn công mạnh mẽ.
Những con boa cây ngọc lục bảo có tầm nhìn thích hợp, nhưng cách chủ yếu để chúng phát hiện những kẻ săn mồi là thông qua mùi hương. Sử dụng chiếc lưỡi chẻ của mình, boas cây ngọc lục bảo có thể ngửi thấy những kẻ săn mồi ngay cả trước khi chúng ở đủ gần để được nhìn thấy. Những con boas cây ngọc lục bảo cũng sử dụng khứu giác tuyệt vời của chúng để xác định vị trí, theo dõi và bắt mồi, chẳng hạn như loài gặm nhấm và ếch.