Theo Bộ Y tế Chính phủ Úc, kể từ năm 2014, không có câu trả lời chính xác về việc HPV có thể tồn tại trong cơ thể bao lâu. Virus có thể không hoạt động trong nhiều năm trước khi kích hoạt.
Sau khi được kích hoạt, cơ thể thường loại bỏ nhiễm trùng trong một hoặc hai năm, theo Bộ Y tế Chính phủ Úc. Ở một số phụ nữ, HPV có thể tồn tại trong các tế bào của cổ tử cung và làm tăng nguy cơ ung thư cổ tử cung. Một số chủng vi rút HPV là nguyên nhân gây ra mụn cóc sinh dục, trong khi phần lớn các chủng khác không gây ra triệu chứng ở hầu hết mọi người.