Theo Sách giáo khoa về vi khuẩn học trực tuyến của Todar, độc tính chọn lọc đề cập đến khả năng của thuốc kháng sinh nhắm mục tiêu có chọn lọc các tế bào vi khuẩn nhưng không có độc tính đối với tế bào người. Hầu hết các loại kháng sinh độc hại có chọn lọc nhằm vào quá trình tổng hợp thành tế bào vi khuẩn, tổng hợp axit nucleic của vi khuẩn hoặc tổng hợp protein của vi khuẩn.
Chỉ số điều trị của kháng sinh, đo lường độc tính chọn lọc, là tỷ lệ giữa lượng độc đối với con người so với lượng cần thiết để đánh bại nhiễm trùng, theo Sách giáo khoa trực tuyến về vi khuẩn học của Todar. Các phép đo độc tính chọn lọc chỉ đề cập đến tế bào người; tác động lên vi khuẩn bình thường hiện tại, chẳng hạn như vi khuẩn trong ruột, được đo riêng.