Các bệnh do động vật nguyên sinh bao gồm bệnh amip, bệnh ngủ ở châu Phi và bệnh toxoplasmosis trong số nhiều bệnh khác. Những bệnh này khác nhau về cường độ, nguồn gốc và thời gian và có thể ảnh hưởng đến sức khỏe của con người, thực vật và các sinh vật sống khác. Một số bệnh do động vật nguyên sinh gây ra tương đối lành tính, trong khi một số bệnh khác là ác tính và có thể đe dọa tính mạng.
Bệnh amip do một nhóm động vật nguyên sinh có tên là sarcodina gây ra. Những sinh vật này tiết ra các enzym được các mô trong cơ thể vật chủ hấp thụ. Bệnh amip có thể lây truyền từ sinh vật này sang sinh vật khác và di chuyển giữa chúng khi tiếp xúc với phân bị nhiễm bệnh. Thức ăn và nước có chứa phân bị ô nhiễm là những phương thức lây truyền phổ biến nhất, nhưng việc tiếp xúc bằng miệng với phân bị nhiễm bệnh cũng có thể khiến bệnh lây lan.
Các triệu chứng của nhiễm trùng bao gồm phân lỏng, ruột kết bị viêm và có khả năng có máu trong phân. Theo Med Health Net, bệnh giardia là một bệnh khác do động vật nguyên sinh gây ra và cũng lây truyền qua phân bị ô nhiễm. Bệnh ngủ châu Phi là một bệnh động vật nguyên sinh khác và do ruồi xê xê mang. Căn bệnh này ảnh hưởng đến con người và động vật và được truyền sang các sinh vật do vết cắn của ruồi bị nhiễm bệnh. Căn bệnh này gây ra các triệu chứng nghiêm trọng ở người, bao gồm mệt mỏi quá mức và các triệu chứng thần kinh như lú lẫn, mất phương hướng, co giật, mất ngủ, sụt cân và nói lắp.