Cá heo sông Amazon, còn được gọi là cá heo boto hoặc cá heo sông hồng, ước tính có số lượng lên tới hàng chục nghìn, theo Quỹ Động vật Hoang dã Thế giới. Tuy nhiên, cá heo sông hồng vẫn được phân loại là loài dễ bị tổn thương ở một số khu vực.
Quần thể cá heo sông hồng đang suy giảm nhanh chóng ở những khu vực sông hồ bị ô nhiễm. Các con đập bị phân mảnh là một nguy cơ khác đối với các loài giáp xác này. Tuy nhiên, con người mới là mối đe dọa lớn nhất đối với cá heo sông hồng. Cá heo sông hồng chết đuối sau khi vướng lưới đánh cá. Con người đôi khi săn cá heo sông hồng vì chúng đôi khi bị coi là đang cạnh tranh để giành lấy cá, theo Rainforest Alliance.
