Lá cờ của Thụy Sĩ được cho là có từ năm 1339 trong trận Laupen, nơi những người lính Thụy Sĩ may một cây thánh giá màu trắng trên quân phục của họ để phân biệt mình với những người lính khác. Người Thụy Sĩ không có quốc kỳ chính thức của riêng họ cho đến năm 1848. Trước đó, các thành viên của đất nước tự nhận diện mình bằng quốc huy.
Khi Napoléon nắm quyền chỉ huy đất nước một thời gian vào cuối những năm 1700, ông đã cấm sử dụng chữ thập trắng trong bất kỳ hình thức nào, thay vào đó, đất nước sẽ treo cờ của ông. Quốc kỳ Thụy Sĩ là một trong hai lá cờ duy nhất trên thế giới có hình vuông. Lá cờ hình vuông còn lại thuộc về Vatican.
