Cá ngựa chiếm vị trí trung gian trong chuỗi thức ăn của chúng. Chúng là động vật ăn thịt ăn động vật giáp xác nhỏ, chẳng hạn như tôm. Tôm ăn tảo, tảo gần đáy của chuỗi thức ăn. Cá ngựa là con mồi của cua và cá, chúng bị ăn bởi những loài cá lớn hơn. Những con cá lớn này bị săn đuổi bởi những kẻ săn mồi đỉnh cao, bao gồm cả cá mập đứng đầu chuỗi thức ăn.
Cá ngựa sử dụng đuôi sơ sinh của chúng để neo vào thực vật hoặc san hô. Do ít vận động và dễ ngụy trang nên chúng có thể phục kích con mồi bất cứ lúc nào. Khi tôm và các sinh vật nhỏ khác bơi theo chúng, cá ngựa nhanh chóng hút chúng bằng chiếc mõm dài của chúng. Chúng cho ăn liên tục và có thể ăn tới 3.000 con tôm ngâm nước muối trong một ngày.
Cá ngựa là loài bơi chậm, khá lười và dễ bị mệt mỏi, vì vậy chúng sử dụng cách ngụy trang tự nhiên của mình để lẩn trốn những kẻ săn mồi. Cá ngựa thường được bắt để làm tiêu bản cho bể cá. Con người cũng đánh bắt chúng ở Đông Á vì người bản địa ở đó tin rằng cá ngựa có đặc tính chữa bệnh. Công ước về buôn bán quốc tế các loài động thực vật hoang dã có nguy cơ tuyệt chủng cố gắng kiểm soát việc nhập khẩu và xuất khẩu cá ngựa, mặc dù một số quốc gia đã từ chối các quy định này.
