Các ứng dụng miễn phí từ Amazon Appstore có thể an toàn để tải xuống, miễn là chúng được tải xuống trực tiếp từ chính cửa hàng. Các ứng dụng này trải qua quy trình kiểm tra tương tự như trên Google Play.
Mặc dù các ứng dụng từ Amazon Appstore đều an toàn, nhưng quá trình cài đặt sẽ gây ra các lỗ hổng bảo mật cho người dùng Android. Để cài đặt ứng dụng, người dùng phải thay đổi cài đặt bảo mật của thiết bị Android để cài đặt ứng dụng từ các nguồn không xác định, một quá trình được gọi là tải bên. Sau khi được thiết lập, thiết bị Android cho phép người dùng cài đặt một ứng dụng bất kể nguồn của nó, không chỉ từ Amazon Appstore. Không có tính năng Android hiện tại nào để chỉ cho phép các ứng dụng từ một thị trường cụ thể.
Phần lớn phần mềm độc hại đến từ các trang web của bên thứ ba, mặc dù nó cũng có thể được gửi dưới dạng tệp đính kèm trong email. Thông thường, thiết bị Android bảo vệ người dùng bằng cách từ chối cài đặt bất kỳ ứng dụng nào không bắt nguồn từ Google Play. Tuy nhiên, tính năng này bị vô hiệu hóa trong quá trình cài đặt ứng dụng từ Amazon Appstore, tạo ra lỗ hổng bảo mật. Hiện có hàng nghìn ứng dụng Android độc hại đang được lưu hành và phần lớn đến từ các trang web của bên thứ ba.
Để tránh sự cố này, người dùng nên bật lại tính năng bảo mật và không cho phép cài đặt từ các nguồn không xác định ngay sau khi ứng dụng từ Amazon Appstore được cài đặt. Điều này bảo vệ thiết bị khi không tải các ứng dụng dự kiến.
