Ở những người khỏe mạnh, tác dụng phụ phổ biến duy nhất của men vi sinh là khó chịu nhẹ về tiêu hóa, chẳng hạn như ở dạng khí, theo Trung tâm Quốc gia về Sức khỏe Bổ sung và Tích hợp. Tuy nhiên, tính đến năm 2015, các nhà khoa học vẫn còn một số điều chưa chắc chắn về sự an toàn lâu dài của việc sử dụng men vi sinh, và cần phải nghiên cứu thêm. Dùng chế phẩm sinh học có thể gây nhiễm trùng nặng ở những người vừa phẫu thuật, bị bệnh nặng hoặc có hệ thống miễn dịch suy yếu.
Không phải tất cả các sản phẩm probiotic đều chứa các vi khuẩn giống nhau, có nghĩa là có thể một số sản phẩm an toàn hơn các sản phẩm khác, Trung tâm Quốc gia về Sức khỏe Bổ sung và Tích hợp lưu ý. Ví dụ: kết quả của một nghiên cứu chỉ ra rằng một chuỗi Lactobacillus cụ thể dường như an toàn cho những người khỏe mạnh trên 65 tuổi, nhưng nghiên cứu này không đủ bằng chứng cho thấy việc sử dụng probiotic nói chung là an toàn ở người cao tuổi.
Mặc dù các tuyên bố rằng chế phẩm sinh học hữu ích trong việc quản lý một loạt các tình trạng sức khỏe, nhưng có rất ít hoặc không có bằng chứng khoa học, cảnh báo của Trung tâm Quốc gia về Sức khỏe Bổ sung và Tích hợp. Có một số bằng chứng cho thấy chất bổ sung probiotic ngăn ngừa tiêu chảy ở những người đang dùng thuốc kháng sinh hoặc mắc một số bệnh nhiễm trùng. Cũng có một số bằng chứng cho thấy men vi sinh có thể làm giảm các triệu chứng của hội chứng ruột kích thích. Cần nghiên cứu thêm để xác định loại chế phẩm sinh học cụ thể nào hiệu quả nhất trong việc cung cấp những lợi ích này và bệnh nhân phải dùng bao nhiêu để đạt được những lợi ích đó.
