Các con sông chính ở Philippines là sông Cagayan, Rio Grande de Mindanao và sông Agusan. Quốc gia này có tổng cộng 421 con sông, nhưng các nhà khoa học cho rằng 50 con sông trong số đó đã chết về mặt sinh học.
Con sông dài nhất ở Philippines là sông Cagayan. Nó dài 314 dặm và nằm trên đảo Luzon, ở phía bắc của đất nước. Sông Cagayan dễ bị lũ lụt, đặc biệt là trong những trận mưa lớn. Sông Cagayan chảy từ dãy núi Caraballo đến kênh Babuyan. Con sông lớn thứ hai là Rio Grande de Mindanao, nằm ở phía nam của Philippines trên đảo Mindanao. Người dân địa phương sử dụng sông để vận chuyển hàng hóa nông nghiệp, cũng như gỗ. Rio Grande de Mindanao bắt đầu từ dãy núi Impasug-ong và kết thúc ở Vịnh Moro. Ở phía đông là sông Agusan, bắt đầu từ Thung lũng Compostela và chảy vào Vịnh Bhutan. Nó là con sông lớn thứ ba ở Philippines. Nhiều than bùn và cao lương được tìm thấy trong và gần con sông này và đây là nơi cư trú của vịt di cư, chúng cũng sống ở các hồ lân cận. Agusan dễ xảy ra lũ quét trong thời gian mưa lớn.
