Vi khuẩn không tạo ra kháng sinh; kháng sinh đến từ một hợp chất được tìm thấy trong nấm hoặc một vi sinh vật khác. Theo Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh Hoa Kỳ, một số kháng sinh được sản xuất tổng hợp và không đến từ vi sinh vật. Thuốc kháng sinh được sử dụng để tiêu diệt vi khuẩn, cụ thể là những vi khuẩn có hại và gây bệnh.
Một số vi khuẩn là "tốt", có nghĩa là chúng không có hại. Vi khuẩn có thể phát triển khả năng đề kháng với thuốc kháng sinh bằng cách đột biến để kháng sinh không còn có thể nhắm mục tiêu chúng. Vi khuẩn kháng thuốc kháng sinh đang là mối quan tâm lớn về sức khỏe thế giới, một phần là do vi khuẩn kháng thuốc có thể dễ dàng lây lan từ người này sang người khác.
