Probiotics hỗ trợ quá trình tiêu hóa bằng cách tăng số lượng vi khuẩn tốt trong ruột kết, theo Beth Orenstein cho Everyday Health. Khi điều này xảy ra, thức ăn sẽ di chuyển qua ruột và kết quả trông giống như tiêu chảy vì các chất độc và thức ăn đã tiêu hóa được bài tiết ra ngoài, Hiệp hội Tiêu hóa Hoa Kỳ giải thích.
Theo Trường Đại học Tiêu hóa Hoa Kỳ, Probiotics tái cân bằng tỷ lệ vi khuẩn tốt và vi khuẩn xấu trong đường ruột. Chúng ngăn chặn độc tố và các sản phẩm phụ của vi khuẩn xấu rời khỏi ruột kết và đi vào phần còn lại của cơ thể. Ví dụ, vi khuẩn Lactobacillus casei Shirota được biết là tạo điều kiện thuận lợi cho quá trình này bằng cách di chuyển thức ăn qua đường tiêu hóa và hỗ trợ hệ thống miễn dịch, Hiệp hội Tiêu hóa Hoa Kỳ cho biết. Nó giúp cho quá trình phân hủy và tiêu hóa thức ăn chưa tiêu hóa diễn ra thuận lợi. Mặc dù nó có vẻ giống như tiêu chảy khi cơ thể đang bài tiết chất thải sau khi một người uống men vi sinh, nhưng đó thực sự là tác dụng của men vi sinh thực hiện công việc của họ.Thông thường, vi khuẩn, chẳng hạn như Lactobacillus rhamnosus và Lactobacillus casei, làm giảm các triệu chứng tiêu chảy do vi rút rota, vi khuẩn truyền nhiễm, vi rút và ký sinh trùng gây ra, theo Hiệp hội Tiêu hóa Hoa Kỳ. Một số chủng vi khuẩn Lactobacillus và một chủng nấm men Saccharomyces boulardii giúp điều trị và rút ngắn các triệu chứng do tiêu chảy nhiễm trùng, chẳng hạn như tiêu chảy do du khách gây ra do vi khuẩn trong thức ăn hoặc nước uống. Tuy nhiên, men vi sinh cũng được sử dụng để điều trị các vấn đề khác về dạ dày như đau bụng và đầy hơi, đồng thời có hiệu quả trong việc điều trị bệnh viêm ruột và rối loạn viêm ruột.