Tác dụng phụ phổ biến nhất của mật mía là phân lỏng và tiêu chảy, như Ayur Times đã nêu. Những người dùng hơn 3 thìa cà phê mật mía mỗi ngày cũng có thể bị đầy bụng, đau và chuột rút.
Một số người bị chóng mặt hoặc buồn nôn khi uống mật mía lần đầu tiên, vì vậy tốt nhất là nên uống khi ăn hoặc lúc bụng no, theo Ayur Times. Những người bị dị ứng với mía nên tránh dùng mật mía. Phụ nữ có thai hoặc đang cho con bú nên hỏi ý kiến bác sĩ trước khi dùng mật mía thường xuyên, cũng như những người có lượng đường trong máu cao.