Ngọc trai nước ngọt và ngọc trai nước mặn khác nhau về độ bóng, độ bền, kích thước và cách phát triển của ngọc trai. Ngọc trai nước ngọt có độ bóng nhẹ hơn, ít bóng hơn, trong khi ngọc trai nước mặn có độ bóng rực rỡ và bề ngoài. Ngọc trai nước ngọt thường bền hơn vì chúng có lớp xà cừ dày hơn nhiều so với ngọc trai nước mặn.
Mảnh nhân được đưa vào ngọc trai nước ngọt rất nhỏ, và điều này làm cho mảnh ngọc trai thu được gần như hoàn toàn được làm bằng xà cừ. Thông thường, ngọc trai nước ngọt mất từ 4 đến 6 năm, trong khi ngọc trai nước mặn phải mất từ 6 đến 18 tháng để phát triển. Đây là những lý do tại sao ngọc trai nước mặn có lớp xà cừ mỏng hơn và kích thước nhỏ hơn. Ngọc trai nước ngọt phát triển với nhiều hình dạng khác nhau, không giống như ngọc trai nước mặn có hình tròn.
