Nhược điểm chính của tính năng quét nhận dạng ký tự quang học là khả năng tạo ra lỗi trong tài liệu được quét. Không có hệ thống quét OCR nào là sai và tài liệu chất lượng kém có thể tạo ra đủ lỗi để đòi hỏi nhiều thời gian và thời gian- tiêu tốn hiệu đính. Chữ viết tay và phông chữ không phải chữ Latinh đặc biệt khó quét chính xác.
Máy quét quang học cũng có thể gặp sự cố với các tài liệu thiếu độ tương phản đáng kể giữa các ký tự và nền. Các trang bẩn hoặc những trang được in trên nền màu, có thể gây nhầm lẫn cho máy quét và dẫn đến các khối văn bản chưa đọc lớn. Các bước bổ sung cần thiết để hiển thị các bản gốc có chất lượng kém phù hợp để quét OCR có thể bù đắp hoàn toàn khả năng tiết kiệm thời gian mà công nghệ mang lại.
Cách tốt nhất để đảm bảo quét OCR chính xác và nhanh chóng nhất có thể là thiết kế tài liệu gốc dành riêng cho quét quang học. Ví dụ: nhiều gói OCR gặp khó khăn trong việc phân biệt giữa các ký tự tương tự, chẳng hạn như chữ số 0 và chữ O. Phông chữ thân thiện với OCR làm cho hai ký tự này trông càng khác nhau càng tốt để hỗ trợ máy tính đọc tài liệu.
Các tài liệu viết tay yêu cầu khoảng cách đều, rõ ràng giữa các chữ cái để đảm bảo quét đúng cách. Đây là lý do tại sao các biểu mẫu sử dụng công nghệ OCR thường yêu cầu người dùng in hoa bên trong một loạt các hộp. Sau đó, từng ô riêng biệt có thể được quét riêng lẻ, ngăn máy tính đọc nhầm các ký tự chạy cùng nhau.
