Rỉ sét trong nước giếng có thể do cặn sắt hoặc mangan trộn lẫn với không khí, còn được gọi là vi khuẩn sắt. Vi khuẩn có thể phát triển thành một chất nhờn dính vào đường ống giếng. Điều này có thể khiến nước đổi màu, có mùi vị lạ.
Mặc dù không biết liệu vi khuẩn sắt có thể gây bệnh hay không, nhưng nó có thể tạo môi trường tốt cho các vi khuẩn có hại khác phát triển. Khi sửa chữa máy bơm, đường ống giếng và thiết bị giếng cần được khử trùng đúng cách. Phòng thí nghiệm có thể kiểm tra nước nếu có bất kỳ dấu hiệu nào cho thấy nước giếng bị ô nhiễm.
