Vết lõm và các bất thường khác về hình dạng của hộp sọ có thể do rối loạn bẩm sinh, chẳng hạn như bệnh craniosynostosis hoặc bệnh Gorham, nhiễm độc vitamin A, chấn thương ở đầu và các bệnh lý khác. Viện Thần kinh học Dent chi tiết tình trạng được gọi là craniosynostosis, hoặc craniostenosis, trong đó vết khâu của trẻ sơ sinh giữa các tấm xương của hộp sọ đóng sớm, thường dẫn đến một hộp sọ có hình dạng kỳ lạ.
Mặc dù hiếm gặp, nhưng bệnh Gorham, một chứng rối loạn vô căn thay thế một hoặc một số xương bằng mô liên kết và mạch máu, đôi khi có thể gây ra một hộp sọ biến dạng, theo The Lancet.
Theo Healthline, ngộ độc Vitamin A, hay chứng tăng vitamin A, thường gây đau xương và sưng xương ở người lớn và làm mềm xương sọ hoặc phồng thóp mềm ở đầu hộp sọ ở trẻ em. Nhiễm độc vitamin A là do cơ thể dư thừa vitamin A.
Chấn thương ở đầu, chẳng hạn như bị vật thể đâm vào, có thể gây vỡ hộp sọ. Harvard Health giải thích rằng gãy xương là một vết nứt trên một trong các xương của hộp sọ. Đôi khi, xương sọ bị lõm vào trong; được gọi là gãy xương sọ lõm. Trong tình trạng này, các mảnh xương vỡ đè lên bề mặt não.