Việc lai tạo có chọn lọc gây ra một số rủi ro cho chó, bao gồm tăng nguy cơ phát triển các vấn đề về tim, bệnh thận, làm nóng bộ phận giả, không có khả năng làm mát cơ thể, các vấn đề về thính giác và thị lực và rối loạn máu. Việc lai tạo có chọn lọc cũng có thể tạo ra các vấn đề về cảm xúc hoặc thần kinh. Một số giống chó, chẳng hạn như Bull Terrier, có xu hướng đuổi đuôi liên tục, trong khi Chó sục Scotland có thể mất kiểm soát cơ bắp khi chúng bị kích động.
Việc lai tạo có chọn lọc gây ra rủi ro cho những con chó lớn và nhỏ. Những con chó nhỏ hơn dễ bị huyết áp cao và các bất thường về xương như xương bánh chè bị lệch gây ra trật khớp xương bánh chè. Những con chó thuộc giống lớn hơn có thể phát triển các khối u ác tính trong xương, vì trọng lượng cao bất thường của chúng gây căng thẳng quá mức cho hệ thống xương của chúng và chúng dễ gặp các vấn đề về chỉnh hình.
Các vấn đề cũng nảy sinh ở những con chó có một số đặc điểm nổi bật nhất định, chẳng hạn như khuôn mặt phẳng hoặc da nhăn nheo. Những con chó có khuôn mặt phẳng, như chó con và chó Bắc Kinh, có thể có đường mũi ngắn và hẹp, gây cản trở việc thở đầy đủ. Chó săn máu có thể phát triển các vấn đề về mắt do da nhăn nheo xung quanh mắt, trong khi Shar-Pei Trung Quốc và các giống chó khác bị kích ứng da và nhiễm trùng do nếp nhăn. Những con bulldog cái có hông hẹp bất thường thường sinh con qua các ca mổ đẻ.
Một số giống chó, chẳng hạn như chó nước Bồ Đào Nha, chó săn tiêu chuẩn và chó săn Basset, có hệ thống miễn dịch kém. Một số bệnh ung thư xuất hiện ở những con chó được lai tạo chọn lọc, cũng như các vấn đề về nội tạng và các bệnh khác.
