Một số khác biệt giữa ELCA và Thượng hội đồng Missouri là cách hiểu của họ về cách giải thích Kinh thánh, vai trò của phụ nữ trong chức vụ, niềm tin và thực hành bí tích. Mặc dù cả hai giáo phái đều có chung di sản Lutheran, nhưng những khác biệt này có dẫn đến sự chia rẽ giữa họ ngày càng gia tăng.
Giáo hội Luther truyền giáo và Giáo hội Luther thuộc Thượng hội đồng Missouri chưa bao giờ là một thể thống nhất, vì LCMS chưa bao giờ là một phần của các tổ chức đã hợp nhất để tạo thành ELCA. Sự khác biệt giữa hai cơ quan bắt đầu xuất hiện vào những năm 1970, với việc cả hai giáo hội đều phản ứng khác nhau trước những thay đổi căn bản đang diễn ra trong xã hội lúc bấy giờ.
Mặc dù cả hai giáo hội đều chia sẻ những tín điều và lời thú nhận chung, nhưng họ khác nhau về cách hiểu của họ về cách giải thích Kinh thánh. ELCA bao gồm học thuật lịch sử-phê bình của Kinh thánh, dẫn đến nhiều cách giải thích mà ELCA cho phép. LCMS nghi ngờ nhiều hơn về một số hình thức học bổng phê bình, tin rằng chúng làm suy yếu thẩm quyền trong Kinh thánh.
Vào đầu những năm 1970, ELCA bắt đầu quá trình phong phụ nữ vào vị trí lãnh đạo mục vụ. Ngày nay, có phụ nữ phục vụ trong chức vụ được phong chức ở tất cả các cấp trong ELCA, trong khi LCMS tin rằng Kinh thánh chỉ cho phép nam giới làm mục sư.
LCMS chỉ cho phép các thành viên có địa vị tốt của các giáo xứ LCMS rước lễ trong các dịch vụ của nó. ELCA cho phép bất kỳ tín đồ Cơ đốc giáo đã rửa tội nào được tiếp nhận trong một nhà thờ ELCA và có các thỏa thuận hiệp thông đầy đủ với một số giáo phái Tin lành khác.
