Làm sạch sâu ngăn chặn sự tiến triển của bệnh nha chu, ngăn ngừa sự suy thoái của xương và mô nâng đỡ răng, đồng thời khuyến khích nướu mọc lại. Làm sạch sâu không giống như làm sạch răng thông thường và nó chỉ có lợi cho những bệnh nhân bị bệnh nướu răng hoặc mảng bám đã được phát hiện bên dưới đường viền nướu.
Vi khuẩn và các mảng bám và cao răng hình thành trên răng mà không được loại bỏ thông qua việc vệ sinh răng miệng thường xuyên sẽ hoạt động dưới đường viền nướu, gây ra tình trạng viêm khiến nướu bị kéo ra khỏi răng, tạo ra các túi. Những chiếc túi này giữ thức ăn và vi khuẩn, gây ra vấn đề khi nhiễm trùng và viêm nhiễm theo đường đến chân răng và xương nâng đỡ răng.
Trong quá trình làm sạch sâu, bào và cạo vôi răng bằng dụng cụ cạo hoặc công cụ siêu âm sẽ loại bỏ vi khuẩn, mảng bám và cao răng từ nướu và răng xuống chân răng. Điều này để lại bề mặt nhẵn trên răng để nướu gắn lại. Thuốc kháng sinh được kê đơn để sử dụng trước và sau khi làm thủ thuật, hoặc một miếng sợi kháng sinh có thể được để lại giữa nướu và răng để điều trị nhiễm trùng hiện có và ngăn ngừa nhiễm trùng từ bất kỳ vi khuẩn nào xâm nhập vào máu trong quá trình làm sạch sâu.