Lợi ích chính của mật ong manuka là đặc tính kháng sinh của nó từ nồng độ methylglyoxal cao hơn do ong chuyển đổi một hợp chất hóa học có trong mật hoa manuka, theo WebMD. Mật ong được sử dụng như một loại thuốc bôi ngoài da trị bỏng nhẹ. Các nhà sản xuất mật ong đã tạo ra nhân tố manuka độc đáo, hay còn gọi là UMF, để tiếp thị tiềm năng của loại mật ong này. Mật ong manuka tốt nhất cần có xếp hạng 10 UMF để được coi là có tác dụng chữa bệnh.
Loại mật ong này được bán trên thị trường như một chất giúp chữa ung thư, tiểu đường, viêm nhiễm, nhiễm trùng và các vấn đề về đường tiêu hóa. WebMD giải thích rằng không có bằng chứng khoa học nào ủng hộ những tuyên bố này. Công dụng chữa bệnh duy nhất được các nhà khoa học biết đến vào tháng 7 năm 2014, là điều trị bỏng bằng mật ong manuka cấp y tế.The Telegraph nói rằng một lý do khiến mật ong manuka có đặc tính kháng khuẩn là do hàm lượng nước thấp có khả năng tiêu diệt vi khuẩn. Mức độ cao của enzyme glucose oxidase tạo ra một môi trường axit cũng giết chết vi khuẩn. Dịch vụ Y tế Quốc gia của Vương quốc Anh đang nghiên cứu mật ong manuka để xem có thể tìm thấy những đặc tính chữa bệnh nào khác.
Cosmopolitan tuyên bố rằng mật ong manuka làm dịu cơn đau bụng và có thể giúp ngăn ngừa các triệu chứng cảm lạnh nghiêm trọng hơn. Tạp chí cũng cho biết mật ong manuka tốt cho các bệnh về da như chàm, côn trùng cắn, vết thương phẫu thuật và cháy nắng. Vì mật ong được tạo thành từ đường fructose và glucose nên tiêu thụ thực phẩm này sẽ giúp tăng cường năng lượng nhanh chóng.
Theo Tiến sĩ Axe, các đặc tính kháng khuẩn của mật ong manuka cũng có thể giúp điều trị viêm lợi và ngăn ngừa sâu răng. Các nghiên cứu của Trường Nha khoa tại Đại học Otago ở New Zealand cho thấy những đối tượng nhai hoặc ngậm sản phẩm làm từ mật ong manuka giảm 35% mảng bám và giảm 35% chảy máu do viêm lợi.