Andrew Weil, MD, khuyên bạn nên bắt đầu điều trị bằng probiotic cùng lúc khi bắt đầu kê đơn thuốc kháng sinh. Có thể uống men vi sinh cùng với thức ăn vào bữa sáng và bữa tối và không nên ngừng sử dụng chúng cho đến một vài ngày sau khi hết đợt kháng sinh. Weil khuyên bạn nên sử dụng các nhãn hiệu có chứa hàng tỷ đơn vị hình thành khuẩn lạc cũng như các chủng Bacillus coagulans (BC-30) hoặc Lactobacillus GG.
NowFoods nhấn mạnh tầm quan trọng của việc bảo vệ tính toàn vẹn của các vi khuẩn sống bằng cách làm theo các hướng dẫn bảo quản được khuyến nghị của nhà sản xuất. Chế phẩm sinh học dạng lỏng phải được bảo quản trong tủ lạnh để giữ cho chúng luôn tươi mới, và khuyến cáo rằng viên nang và viên nén được xử lý theo cùng một cách. Nếu không thể thực hiện được, nên bảo quản viên nang và viên nén ở nơi khô ráo, thoáng mát, tránh xa nguồn nhiệt và độ ẩm. Chế phẩm sinh học thường được bán với các gói tươi để quản lý việc chúng tiếp xúc với các tác động gây hại đến môi trường. Hiệu lực của những chất bổ sung này từ từ giảm với tốc độ khoảng 5 phần trăm mỗi tháng trong suốt vài tháng cho đến khi chúng cuối cùng trở nên vô dụng. Bảo quản men vi sinh trong tủ lạnh giúp làm chậm tốc độ suy giảm này và kéo dài hiệu quả của chúng. Vì lý do này, Weil khuyên mọi người nên lưu ý về ngày hết hạn của men vi sinh và thay thế chúng nếu ngày này hết hiệu lực.